Да потому что оригинальный сериал был недосказанный, и в последних 2-х сериях происходили понятные только создателям действия. Если бы сразу выпустили последние серии в виде зе енд оф евангелион (хотя это - всего лишь дополнение с объяснением, а не альтернативная концовка, как некоторые почему-то считают), столько спгс бы не возникало.
ЦИТАТА
Гэндо начинает Третий Удар, приведя Рэй к Лилит, но первая отталкивает Гэндо и, соединившись с Адамом (взятым у Гэндо) и Лилит, превращается в богоподобное существо. Серийные Евангелионы распинают Еву-01, управляемую Синдзи, с помощью своих репликантов Копья Лонгиния; затем они собираются вокруг Евы-01 и существа, порождённого Рэй и Лилит. Оно создаёт анти-АТ-поле, которое распространяется по всей Земле и разрушает АТ-поля людей, расщепляя их на LCL. Синдзи вновь рассматривает свою жизнь, осмысливает её и свои желания. В этот раз ему помогает его мать, душа которой находилась в Еве-01. В конце концов, Синдзи решает, что нельзя вечно прятаться от людей, даже если они иногда причиняют тебе боль. Он хочет остановить Комплементацию. И как утверждается, после этого все получают возможность вернуть себе человеческие тела.
Вот это и было в последних 2-х сериях оригинального сериала+некоторые раздумья других персонажей.